Il (insolito) sospetto del nuovo coronavirus di origine Bat

A un recente studio identifica , il nuovo coronavirus responsabile dell'epidemia di polmonite nella provincia cinese di Hubei—Il virus di origine pipistrello è correlato ad altri coronavirus patogeni noti

I 2019 il nuovo coronavirus (CoV) causa una polmonite fatale che ha causato oltre 1300 vittime, con oltre 52000 casi confermati di infezione da 13 febbraio 2020, il tutto nell'arco di poco più di un mese. Ma cos'è questo virus? È un virus completamente nuovo? Da dove proviene? Scienziati dei migliori istituti di ricerca in Cina hanno collaborato per rispondere a queste domande e questo studio pionieristico è stato pubblicato in Giornale medico cinese.

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All'inizio di dicembre, alcune persone nella città di Wuhan, nella provincia cinese di Hubei, hanno iniziato ad ammalarsi dopo essere andate in un mercato di pesce locale. Hanno manifestato sintomi come tosse, febbre e mancanza di respiro e persino complicazioni legate alla sindrome da distress respiratorio acuto (ARDS). La diagnosi immediata fu polmonite, ma la causa esatta era inspiegabile. Cosa ha causato questo nuovo focolaio? È la sindrome respiratoria acuta grave (SARS) -CoV? È la sindrome respiratoria del Medio Oriente (MERS) -CoV? A quanto pare, gli scienziati avevano intrapreso uno studio per identificare questo virus a dicembre dopo aver analizzato i primi casi. Questo studio è ora pubblicato in Giornale medico cinese e l'identità del virus è stata stabilita: si tratta di un virus completamente nuovo, strettamente correlato al CoV di pipistrello simile alla SARS. Il dottor Jianwei Wang (Accademia cinese delle scienze mediche, Istituto di biologia dei patogeni), ricercatore capo dello studio, afferma: "Il nostro articolo ha stabilito l'identità del CoV di origine pipistrello che era sconosciuta fino ad ora."

In questo studio, scienziati di rinomati istituti di ricerca in Cina, come l'Accademia cinese delle scienze mediche, l'Istituto di biologia dei patogeni, il China-Japan Friendship Hospital e il Peking Union Medical College, hanno scoperto e identificato congiuntamente il nuovo CoV, il principale colpevole di l'epidemia di Wuhan, mediante sequenziamento di nuova generazione (NGS). Si sono concentrati su cinque pazienti ricoverati all'ospedale Jin Yin-tan di Wuhan, la maggior parte dei quali erano lavoratori del mercato del pesce di Huanan a Wuhan. Questi pazienti presentavano febbre alta, tosse e altri sintomi e inizialmente era stata diagnosticata una polmonite, ma di causa sconosciuta. Le condizioni di alcuni pazienti sono rapidamente peggiorate in ARDS; uno è persino morto. Il dottor Wang dice: "Le radiografie del torace dei pazienti hanno mostrato alcune opacità e consolidamenti nebulosi, tipici della polmonite. Tuttavia, volevamo scoprire cosa ha causato la polmonite e i nostri esperimenti successivi hanno rivelato la causa esatta—Un nuovo CoV che non era conosciuto prima."

Per lo studio, gli scienziati hanno utilizzato campioni di fluido di lavaggio broncoalveolare (BAL) prelevati dai pazienti (BAL è una procedura in cui il fluido sterile viene trasferito ai polmoni attraverso un broncoscopio e quindi raccolto per l'analisi).

In primo luogo, gli scienziati hanno tentato di identificare il virus mediante sequenziamento del genoma, utilizzando la tecnologia NGS. NGS è il metodo di screening preferito per l'identificazione di patogeni sconosciuti perché rileva ed esclude rapidamente tutti i microrganismi patogeni noti nel campione. Sulla base del sequenziamento del DNA / RNA dai campioni di fluido BAL, gli scienziati hanno scoperto che la maggior parte delle letture virali apparteneva alla famiglia CoV. Gli scienziati hanno quindi assemblato le diverse "letture" che appartenevano ai CoV e hanno costruito un'intera sequenza genomica per il nuovo virus; queste sequenze erano simili per il 99.8-99.9% tra tutti i campioni dei pazienti, confermando che questo virus era l'agente patogeno comune in tutti i pazienti. Inoltre, utilizzando l'analisi dell'omologia, in cui una sequenza del genoma viene confrontata con altre sequenze del genoma note (con una soglia predefinita del 90% per essere considerata una "nuova" sequenza), hanno confermato che la sequenza del genoma di questo nuovo virus è del 79.0% simile al SARS-CoV, circa il 51.8% simile al MERS-CoV e circa l'87.6-87.7% simile ad altri CoV simili alla SARS dei pipistrelli cinesi a ferro di cavallo (chiamati ZC45 e ZXC21). L'analisi filogenetica ha mostrato che le sequenze dei cinque ceppi CoV ottenuti erano più vicine a quelle dei ceppi derivati ​​dai pipistrelli, ma formavano rami evolutivi separati. Questi risultati suggeriscono chiaramente che il virus ha avuto origine dai pipistrelli. Il dottor Wang afferma: "Poiché le somiglianze del gene della replicasi virale con tutti gli altri virus "simili" conosciuti sono ancora inferiori al 90%, e anche tenendo conto dei risultati dell'analisi filogenetica, riteniamo che questo sia effettivamente un nuovo CoV precedentemente sconosciuto. Questo nuovo virus è temporaneamente chiamato 2019-ncov."

Infine, gli scienziati sono passati a "isolare" il virus dai campioni di fluido BAL controllando se i campioni di fluido mostravano un effetto citopatico sulle linee cellulari in laboratorio. Le cellule esposte ai campioni di fluido sono state osservate al microscopio elettronico e gli scienziati hanno trovato caratteristiche strutture simili a CoV. Hanno anche usato l'immunofluorescenza, una tecnica che utilizza anticorpi specifici contrassegnati con coloranti fluorescenti. Per questo, hanno utilizzato il siero dei pazienti in via di guarigione (che contenevano anticorpi), che ha reagito con le particelle virali all'interno delle cellule; ciò ha confermato che questo virus era effettivamente la causa dell'infezione.

Questo studio apre la strada a studi futuri per comprendere meglio il virus e le sue fonti, soprattutto data la sua rapida diffusione, la sua capacità di causare ARDS fatale e il panico causato dall'epidemia. Sebbene 4 dei 5 pazienti da cui è stato identificato questo virus provenissero da un mercato ittico a Wuhan, l'origine esatta dell'infezione è sconosciuta. Il CoV potrebbe essere stato trasmesso all'uomo attraverso un vettore “intermedio”, come nel caso di SARS-CoV (carne di civetta di palma) o MERS-CoV (cammello). Il dottor Wang conclude: "Tutti i CoV umani sono zoonotici e diversi CoV umani hanno avuto origine da pipistrelli, inclusi i CoV SARS e MERS. Il nostro studio mostra chiaramente l'urgente necessità di un monitoraggio regolare della trasmissione di CoV di origine pipistrello all'uomo. L'emergenza di questo virus è una minaccia enorme per la salute pubblica e, pertanto, è di fondamentale importanza comprendere l'origine di questo virus e decidere i passaggi successivi prima di assistere a un'epidemia su scala più ampia.. "