Il rilascio di nuovi passaporti per i cittadini del Comunità dell'Africa orientale è stato temporaneamente sospeso per consentire l'inserimento di nuove funzionalità all'avanguardia nella prossima edizione. Attualmente, i passaporti non sono leggibili dalla macchina né contengono dati biometrici nei chip dei computer inseriti, e per renderli più ampiamente accettabili, queste nuove aggiunte devono prima essere eliminate.
I passaporti erano popolari in Uganda e Kenya, dove i viaggiatori dovevano far timbrare il passaporto solo una volta ogni sei mesi se si spostavano attraverso i confini nazionali verso uno degli stati membri dell'EAC, ma sono emerse anche accuse che i funzionari dell'immigrazione ai confini terrestri e negli aeroporti ha semplicemente ignorato queste regole e ha continuato a stamparle comunque come passaporti nazionali. Burundi e Ruanda, dopo l'adesione all'EAC lo scorso anno, non avevano ancora implementato l'emissione di questi documenti di viaggio.
Anche i passaporti EAC non erano comunemente accettati al di fuori della regione, poiché molti viaggiatori regolari portano sia passaporti nazionali che EAC, una situazione che il segretariato della Comunità dell'Africa orientale ad Arusha ha anche promesso di affrontare in tempo per l'inizio del rilascio dei passaporti EAC di prossima generazione . Nel frattempo, i cittadini dei cinque Stati membri useranno i propri passaporti nazionali per viaggiare nella regione.
